Вот прошли два достаточно долгих года после тех событий, когда главный командор Шепард отразил большое вторжение Пожинателей, и тем самым спас большое количество людей, но тут у человечества появится новый враг. На окраинах это космоса где обитают люди, кто-то безжалостно постепенно убивает не большие колонии людей.Чтобы остановить эту надвигающуюся угрозу, Шепарду предстоит сотрудничать с сетью безжалостной организации - Цербер, которые провозглашают выживание человечества в космосе любой ценой.